徘徊在仪器行业的岁月

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质粒DNA的测序

 

测序样品的提供

质粒DNA的测序

Sample形态为提纯质粒时
请注明载体名称及结构情况、插入片段的长度及插入片段的酶切位点等情况。请提供3~5ug提纯的质粒DNA(浓度大于200ng/ul)。如果提供质粒偏烧学要公司转化时,收取质粒转化费用

Sample形态为含有质粒的菌体时
请注明菌体的种类及抗生素抗性的情况。所含载体的名称及结构情况、插入片段的长度及插入片段的酶切位点等情况。对于一般的质粒、本公司免费提纯质粒后进行DNA测序。如果提供的菌体需特殊培养,或质粒的拷贝数较低时,收费标准视具体情况而定。

PCR产物直接测序

  • Sample形态为纯化后的PCR产物时
    请提供切胶回收纯化后的PCR产物1~3(浓度大于100ug/ul),并请提供浓度(浓度须正确)大于3.2pmol/ul的测序引物20ul以上。此外,庆祝名PCR产物的长度、引物的具体序列情况。
  • Sample形态为未纯化的PCR产物时
    请提供5~20ug的粗PCR产物,我们负责纯化测序(收取纯化费)。同时请提供浓度(浓度须正确)大于3.2pmol/ul的测序引物20ul以上,并注明PCR产物的长度、引物的具体序列等情况。
  • Sample形态未PCR模板DNA时
    请提供适量的模板DNA及踊跃图PCR的引物(浓度大于3.2pmol/ul约100ul)。本公司负责PCR反应和PCR产物的纯化及测序(需收取PCR反应费及PCR产物的纯化费)。此外,请注明PCR产物的长度及引物的具体序列等情况。

注意事项

  1. PCR产物直接测序成功的关键时PCR产物的纯度,所以我们提倡切胶回收PCR产物。如果有几条PCR产物长度相近,永电泳胶也无法分开,此时的PCR产物便无法直接测序。这种情况建议把PCR产物克隆后测序
  2. PCR产物直接测序成功的另一要因时引物,不是能做PCR反应的引物便能测序测序永引物要求较高,引物的3’端必须与模板完全匹配,含有Mix碱基的引物一般不能测序(特别是3’端)此外,测序引物长度一般为20个碱基左右,GC含量必须在50~60%左右。而且,用于测序的引物一定要纯,纯度必须大于90%。
  3. 在PCR扩增时,难以扩增(扩增后的PCR带较弱)的PCR产物在测序时一般成功效率较低。
  4. 小于150bp的PCR产物直接测序效果不好,请克隆后测序

Cosmid中插入DNA片段的测序

请提供纯化的Cosmid DNA大于5ug(因每个反应的永良需1ug以上)。DNA必须注明浓度,并请提供浓度(浓度须正确)大于5pmol/ul的引物10ul以上。此时每个反应的收费标准为500元。

其他说明

客户在提供测序样品的同时,请注明永可中引物。测几个反应,是否测通,是单链测序(Single stand reading),还是双链测序(Double strands reading)等。

测序引物的说明

客户自备引物的说明
提供引物的序列,需要我们合成是,按DNA 合成服务收费
自备引物时,,请提供浓度(浓度须正确)大于3.2pmol/ul的引物20ul以上,并注明引物序列。
注意引物长度适宜在20个碱基左右,GC含量在50~60%左右。不要使用含有Mix碱基的引物,特别在3’端的3个碱基内不能含有Mix碱基。引物纯度必须大于90%

本公司免费提供的测序用引物

M13(+),M13(+),T7 promoter,T7terminator,SP6 pGEX 3’P,Pgex 5’P,Pbv220 3’P,pBV220 5’P,AOX 3’P,AOr×3’P AO×5’P,BGH rev,PCIT7,pACT2-F,Pact-2R,pCMV-R,pGAD3’p,pGL-3F,pGL3-R,pLXSN-F,pLXSN-R,pQE30PF,pQE30PR,pEGFP-CF,pEGFP-CR,pEGFP-NF,pEGFP-NR等

测序结果说明

测序结果

测序完成后,我们用E-mail给客户发送序列,并用EMS提供以下资料。对每个Sample提供一份测序报告,其中有测序操作情况,测序方向(同一样品进行两个以上反应时)常用酶切位点图,测出具体序列图,彩色波形图等。
●在进行DNA测序时,紧接引物的10~30 Bases有时不一定能完全读清楚。
●由于DNA结构上的原因,有时会出现反应中途无法进行之情况。如:G/C rich; G/C Cluster;Poly A Poly T的连续结构等。此外,另一种情况为反应中途出现的套峰现象,此种情况一般为FDNA结构种的重复序列,造成测序用引物和模板质检有一个以上的结合点。
以上情况时由于DNA结构原因造成可无法正常进行DNA测序,对这种情况,我们会根据具体测序结果进行相应收费,出现以上情况后,我们提倡从另一方向进行测序

备注说明
●一般的质粒从收到样品日至发货日时间为三天。如果Sample形态为菌体或样品需要转化时,应多加2天时间,对于三个工作日内无法得到测序结果的,我们会用E-mail或电话,转真等及时与客户或代理商联系。
●并不时所有的样品都能得到满意的测序结果,对于测序结果不好的,我们会尽力赵到可能的原因,以建议进一步如何操作。

大片段DNA的测序

■鸟枪法(Shot Gun Sequencing)测序

●鸟枪法测序的操作方法

1.用限制酶切下目的片段的大片段Insert DNA,并且Agarose凝胶电泳进行回收。

2.对回收的大片段DNA用物理方法(如超声波等)进行切断处理,然后用T4 DNA Polymerase对笑片段DNA进行末端平滑化。

3.进行Agarose电泳,切胶回收1 kbp~2kbp的笑片段DNA。然后用BcaBest DNA Polymerase

在DNA的3’端加上一个A碱基

4.把加上A-tail的DNA片段炼乳T-Vector种,然后转化,挑选克隆

5.对阳性克隆(含1kbp~2kbp Insert)进行DNA测序

6.对数据进行编辑,最后连成一条大片段的DNA系列。

●DNA测序

应该进行的DNA测序量以DNA片段实际长度的4倍量进行计算,对每个反应的有效测序长度定义为400Bases。

如:对10kbp的DNA片段进行测序时,可以按以下方法进行计算:

测序量=10.000Bases×4/400Bases=100个反应

●结果编辑

按上序所示的DNA测序量要求进行DNA测序,然后对其所有结果进行编辑。此时的测序结果会连接成数个DNA大片段(Contig)

●补缺工作

结果编辑工作结束后,会发现在数个DNA大片段(Contig)间的序列没有测定,此时应该进一步通过技术手段,解析那些没有被解明的DNA序列,进行整体DNA序列的补缺工作。

●收费标准

1.DNA文库构建费用:3.000元/文库

2.DNA测序费用见下表。

3.补缺费用;1元/Base(含DNA测序费,引物合成费,克隆费,PCR反应费等)。合计费用:上述的1+2+3的总计费用为鸟枪法测序的合计费用。

●其他说明

1.病毒DNA种,特别时病毒DNA的两端经常会有大片段的DNA重复序列出现,可能无法测序,请谅解。

2.DNA序列种,有时会有G.A.C.T的连续结构,G/C rich等复杂的立体结构出现,此部分有可能无法测序,请谅解。

限制酶切,亚克隆测序

测序方法

由于鸟枪法测序会出现较多的重复测序结果,因此,小于100kbp的DNA片段测序工作使用鸟枪法测序价格太昂贵,此时比较适合与使用限制酶切,亚克隆测序法。

限制酶切,亚克隆测序法的方法如下:

1.选择适当的限制酶,对Insert DNA片段进行切断处理。

2.对切断的DNA片段进行亚克隆。

3.对每个亚克隆种的DNA片段进行测序

4.编辑测序结果。

5.整体序列如有空缺,进行补缺工作

●收费标准

0.8元/Bases(含DNA测序,引物合成,克隆,PCR等全部费用)

●其他说明

1.病毒DNA,特别时病毒DNA的两端经常会有大片段的DNA重复序列出现,可能无法测序,请谅解。

2.DNA序列种,有时会有G.A.C.T的连续结构,G/C rich等复杂的立体结构出现,此部分有可能无法测序,请谅解。
 

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